Le Cone Beam CT est utilisé pour les examens des sinus, rochers, maxillaire supérieur et/ou mandibule, massif facial, genoux, pieds, chevilles, mains, poignets et coudes avec une précision plus importante qu'un scanner et une vision en 2D et 3D de très haute qualité. Il délivre en outre jusqu'à 10 fois moins de doses de rayons X qu'un scanner classique tout en bénéficiant d'une meilleure résolution spatiale. Il est cependant nettement plus performant pour l'analyse des structures osseuses que pour l'étude des tissus dits "mous" (muscle, cerveau, organes internes) pour lesquels la tomodensitométrie garde l'avantage.
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